صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
اندرسون که یک برنامه نویس است متوجه شده که چیزی در دنیا درست نیست, او مدتی است که به دنبال رد پایی از شخصی به نام مورفیوس می گردد تا بتواند با او دیدار کند و برای سوالاتی که در ذهنش دارد جوابی پیدا کند! روزی این تماس از طریق دختری به نام ترینیتی صورت می گیرید و باعث می شود تا زندگی آقای اندرسون به طوری کامل تغییر پیدا و از دنیای ماتریکس بیدار شده تا دنیای واقعی را که سال ها از او مخفی شده بود را ببیند و…
